方案设计阶段，是将可行性研究中提出的意见和问题，经与发包人协商认可后进行完善，提出建设项目的具体方案设计，并满足初步设计文件和控制概算需要。初步设计阶段是工程建设项目的宏观设计，包括总体设计、布局设计、主要工艺流程、设备选型和安装设计、土建工程量、投资概算等，应满足编制施工招标文件。深化设计方案通常包含更详细的技术参数、材料选择、构造方式、工艺流程等。相较于初步设计，深化设计更加注重实际操作和现场实施的可能性，确保设计的可行性和实用性。此外，深化设计还会考虑到项目的成本、进度以及可能出现的风险，进行综合考虑和规划。
两者区别如下：包含范围不同施工组织设计包括的内容广阔一些，它是针对一个建筑的全部计划及安全和质量实施预案，例如要新建一个工业区内的,厂房。专项施工方案是对某个施工单项进行的特殊施工方案，例如：土方开挖深度超过,需要做专项施工方案。工程监理单位应当施工组织设计中的安全技术措施或专项施工方案是否符合工程建设的强制性标准。建设单位应当向施工单位提供施工现场及毗邻区域内供水、排水、供电、供气、供热、通信、广播电视等地下管线资料，气象和水文观测资料，相邻建筑物和构筑物、地下工程的有关资料，并保证资料的真实、准确、完整。
设计收费标准调整与鼓励创新工程设计收费标准由国务院相关部门制定，遵循优质优价原则。采用新技术、新工艺等可协商上浮,。特定等级的建筑设计方案，如特级、一级项目，分别加收,、的设计费，而小型项目则不另收设计方案费。设计费收费公式工程设计费用计算考虑多个变量，如计费基数。专业监理工程师意见填写：（根据对上述内容的，如符合要求则签署“施工组织设计（方案）合理、可行，且审批手续齐全，拟同意承建单位按该施工组织设计（方案）组织施工，请总监理工程师审核”。（如不符合要求，专业监理工程师应简明指出不符合要求之处。
在工程总承包招标（EPC）的流程中，前期进行方案设计的单位并不具备投标资格。这主要依据《工程建设项目施工招标投标办法》的规定。该办法明确指出，第三十五条规定，招标项目的前期准备或提供设计、咨询服务的法人及其附属机构，无权参与投标，以确保公正和公平竞争。第五十条列举了拒收或否决投标的情况。(在双方当事人已失去合作信任的情况下,为解决双方矛盾,人民法院可以判决由发包人自行委托第三方参照修复设计方案对工程质量予以整改,所需费用由承包人承担。来源:《最高人民法院公报》第,(总第,),承包人未经发包人同意对工程组织验收,单方向质量监督部门办理竣工验收手续。